Giessener Elektronische Bibliothek

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From human monocytes to genome-wide binding sites : a protocol for small amounts of blood: Monocyte Isolation/ChIP-Protocol/Library Amplification/Genome Wide Computational Data Analysis

Weiterer, Sebastian ; Uhle, Florian ; Bhuju, Sabin ; Jarek, Michael ; Weigand, Markus A. ; Bartkuhn, Marek


Originalveröffentlichung: (2014) PLoS ONE 9(4):e94164 doi:10.1371/journal.pone.0094164
Zum Volltext im pdf-Format: Dokument 1.pdf (1.033 KB)


Bitte beziehen Sie sich beim Zitieren dieses Dokumentes immer auf folgende
URN: urn:nbn:de:hebis:26-opus-111598
URL: http://geb.uni-giessen.de/geb/volltexte/2014/11159/

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Sammlung: Open Access - Publikationsfonds
Universität Justus-Liebig-Universität Gießen
Institut: Klinik für Anästhesiologie, Operative Intensivmedizin und Schmerztherapie; Institut für Genetik
Fachgebiet: Medizin
DDC-Sachgruppe: Medizin
Dokumentart: Aufsatz
Sprache: Englisch
Erstellungsjahr: 2014
Publikationsdatum: 28.10.2014
Kurzfassung auf Englisch: Chromatin immunoprecipitation in combination with a genome-wide analysis via high-throughput sequencing is the state of the art method to gain genome-wide representation of histone modification or transcription factor binding profiles. However, chromatin immunoprecipitation analysis in the context of human experimental samples is limited, especially in the case of blood cells. The typically extremely low yields of precipitated DNA are usually not compatible with library amplification for next generation sequencing. We developed a highly reproducible protocol to present a guideline from the first step of isolating monocytes from a blood sample to analyse the distribution of histone modifications in a genome-wide manner. Conclusion: The protocol describes the whole work flow from isolating monocytes from human blood samples followed by a high-sensitivity and small-scale chromatin immunoprecipitation assay with guidance for generating libraries compatible with next generation sequencing from small amounts of immunoprecipitated DNA.
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