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URN: urn:nbn:de:hebis:26-opus-31529
URL: http://geb.uni-giessen.de/geb/volltexte/2006/3152/


Optimization of microarray technology-based expression profiling for investigation of different animal models of pulmonary hypertension

Optimierung der auf Microarray-Technik basierenden Erfassung der

Prakash, Jai


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Freie Schlagwörter (Englisch): optimization , microarray technology
Universität Justus-Liebig-Universität Gießen
Institut: Institut für Pathologie
Fachgebiet: Medizin
DDC-Sachgruppe: Medizin
Dokumentart: Dissertation
Sprache: Englisch
Tag der mündlichen Prüfung: 17.05.2006
Erstellungsjahr: 2005
Publikationsdatum: 14.08.2006
Kurzfassung auf Englisch: Differential gene expression can be investigated effectively by microarrays. Therefore, the respective technical steps and parameters, in particular RNA extraction, cDNA labelling, hybridization and washing for low-fluorescence background on slides have to be optimized. Comparing different RNA extraction techniques, we found that TrifastTM method followed by column purification combined with DNase digestion resulted in highest RNA quality of the samples.
Kurzfassung auf Deutsch: Mikroarrays erlauben eine effektive Untersuchung differenzieller Genexpression. Zunächst müssen hierzu jedoch die entsprechenden technischen Schritte und Parameter, insbesondere die RNA Extraktion, die Markierung der cDNA, die Hybridisierung sowie Waschschritte zur Minimierung des Hintergrunds auf den Objektträgern optimiert werden. Beim Vergleich verschiedener RNA Extraktionsprotokolle fanden wir, dass die TrifastTM Methode mit anschließender Silicasäulenaufreinigung und kombiniertem DNase Verdau die höchste RNA Qualität ergab.