Giessener Elektronische Bibliothek

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Combinatorial recognition of clustered RNA elements by the multidomain RNA-binding protein IMP3

Schneider, Tim ; Hung, Lee-Hsueh ; Aziz, Masood ; Wilmen, Anna ; Thaum, Stephanie ; Wagner, Jaqueline ; Janowski, Robert ; Müller, Simon ; Schreiner, Silke ; Friedhoff, Peter ; Hüttelmaier, Stefan ; Niessing, Dierk ; Sattler, Michael ; Schlundt, Andreas ; Bindereif, Albrecht


Originalveröffentlichung: (2019) Nature Communications 10:2266 doi: 10.1038/s41467-019-09769-8
Zum Volltext im pdf-Format: Dokument 1.pdf (3.763 KB)


Bitte beziehen Sie sich beim Zitieren dieses Dokumentes immer auf folgende
URN: urn:nbn:de:hebis:26-opus-148931
URL: http://geb.uni-giessen.de/geb/volltexte/2019/14893/


Sammlung: Open Access - Publikationsfonds
Universität Justus-Liebig-Universität Gießen
Institut: Institute of Biochemistry
Fachgebiet: Chemie
DDC-Sachgruppe: Chemie
Dokumentart: Aufsatz
Sprache: Englisch
Erstellungsjahr: 2019
Publikationsdatum: 22.10.2019
Kurzfassung auf Englisch: How multidomain RNA-binding proteins recognize their specific target sequences, based on a combinatorial code, represents a fundamental unsolved question and has not been studied systematically so far. Here we focus on a prototypical multidomain RNA-binding protein, IMP3 (also called IGF2BP3), which contains six RNA-binding domains (RBDs): four KH and two RRM domains. We establish an integrative systematic strategy, combining single-domain-resolved SELEX-seq, motif-spacing analyses, in vivo iCLIP, functional validation assays, and structural biology. This approach identifies the RNA-binding specificity and RNP topology of IMP3, involving all six RBDs and a cluster of up to five distinct and appropriately spaced CA-rich and GGC-core RNA elements, covering a >100 nucleotide-long target RNA region. Our generally applicable approach explains both specificity and flexibility of IMP3-RNA recognition, allows the prediction of IMP3 targets, and provides a paradigm for the function of multivalent interactions with multidomain RNA-binding proteins in gene regulation.
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